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芯片分析

来源:未知作者:admin发布时间:2018-05-10 11:07

 

芯片分析

芯片质量控制
箱式图
评估不同样本芯片数据标准化后的差异情况
 

 
散点图
评估生物学重复是否稳定,即生物学重复内的样本散点图呈现的离散度较低,基本上呈45°对角线分布,而不同生物学样本散点图离散较高

 
   



PCA
 

 
 
差异基因筛选
火山图
可视化差异基因筛选

 
聚类热图
根据各样本中基因的表达情况对基因进行聚类分析

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Venn
筛选多个数据集或分组情况下共同的差异基因


基因功能分析
基因功能注释
利用GO和KEGG等数据库对基因进行功能注释

基因功能聚类
将具有相似基因功能的基因进行聚类,并用网络图可视化

 
蛋白质网络分析
利用String等蛋白质功能数据库对蛋白质间的相互作用进行注释,构建网络图(A),并根据k-core算法筛选出核心的亚网络结构(B)。


非编码RNA与mRNA的相互作用分析
根据已有数据库信息和基因序列信息分析预测非编码RNA与mRNA间的相互作用关系,构建网络图可视化展示

 
转录因子调控网络
根据已有数据库信息和基因序列信息分析预测上游转录因子,构建转录因子调控网络

 

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